• 射线束技术教育部重点实验室
• 数学与复杂系统教育部重点实验室
• 水沙科学教育部重点实验室
• 放射性药物教育部重点实验室
• 理论及计算光化学教育部重点实验室
• 环境演变与自然灾害教育部重点实验室
• 细胞增殖及调控生物学教育部重点实验室
• 生物多样性与生态工程教育部重点实验室
• “移动学习”教育部-中国移动联合实验室

• 天然药物教育部工程研究中心
• 防沙治沙教育部工程研究中心
• 虚拟现实应用教育部工程研究中心
• 地下水污染控制与修复教育部工程研究中心
• 数字学习与教育公共服务教育部工程研究中心
• 智能技术与教育应用教育部工程研究中心

• 国际与比较教育研究院
• 教师教育研究中心
• 文艺学研究中心
• 民俗典籍文字研究中心
• 史学理论与史学史研究中心
• 价值与文化研究中心
• 发展心理研究院

• 俄罗斯研究中心
• 国际与比较教育研究院
• 金砖国家合作中心
• G20反腐追逃追赃研究中心

• 教育立法研究基地

• 黑龙江九三土壤侵蚀教育部野外科学观测研究站
• 黄河口湿地教育部野外科学观测研究站

• 教育信息化战略研究基地

• 城市绿色发展科技战略研究北京市重点实验室
• 能量转换与存储材料北京市重点实验室
• 应用光学北京市重点实验室
• 应用实验心理北京市重点实验室
• 抗性基因资源与分子发育北京市重点实验室
• 城市水循环与海绵城市技术北京市重点实验室
• 神经影像大数据与人脑连接组学北京市重点实验室
• 环境遥感与数字城市北京市重点实验室
• 中药资源保护与利用北京市重点实验室
• 基因工程药物及生物技术北京市重点实验室
• 教育技术学北京市重点实验室
• 文化遗产数字化保护与虚拟现实北京市重点实验室

• 北京市流域环境生态修复与综合调控工程技术研究中心
• 北京市陆表遥感数据产品工程技术研究中心
• 北京市防沙治沙工程技术中心

• 北京文化发展研究基地
• 首都教育经济研究基地

• 北京语言文化建设研究中心

• 中国文艺评论基地

• 北京教育法治研究基地

• “未来教育”高精尖创新中心

• 首都文化创新与传播研究院

• 北京市人工智能与教育融合应用创新研究基地
• 北京教育信息化发展战略研究基地

• 北京高校中国特色社会主义理论研究协同创新中心
• “新闻出版大数据用户行为跟踪与分析”新闻出版业科技与标准重点实验室
• 防灾减灾与可持续发展国家国际科技合作基地
• 国家林业和草原局东北虎豹监测与研究中心
• 脑科学与认知科学教育部网上合作中心
• 高等学校蛋白质组学研究院
• 首都科技条件平台—北京师范大学研发试验服务基地
• 东北虎豹国家公园保护生态学国家林业和草原局重点实验室